Η διοικητική δομή του Π.Μ.Σ. προβλέπεται από την κείμενη νομοθεσία και τον Οργανισμό του Πολυτεχνείου Κρήτης.
Το Π.Μ.Σ. «Περιβαλλοντική Μηχανική» και οι διδακτορικές σπουδές συντονίζονται από τη Συνέλευση του Τμήματος (Σ.Τ.), την Κοσμήτορα, τη Συντονιστική Επιτροπή και τον Διευθυντή Μεταπτυχιακών Σπουδών.
Μέλη της Σ.Τ. είναι όλα τα μέλη ΔΕΠ της Σχολής, ένας (1) εκπρόσωπος των μελών ΕΔΙΠ, ένας (1) εκπρόσωπος των μελών ΕΤΕΠ, τρεις (3) εκπρόσωποι των προπτυχιακών φοιτητών και ένας (1) εκπρόσωπος μεταπτυχιακών φοιτητών και υποψηφίων διδακτόρων.
Η λήψη αποφάσεων γίνεται από τη Σ.Τ. της Σχολής Χημικών Μηχανικών και Μηχανικών Περιβάλλοντος η οποία είναι αρμόδια για τον ορισμό των συμβουλευτικών επιτροπών και επιβλέποντων για Μεταπτυχιακές Διπλωματικές Εργασιες (Μ.Δ.Ε.) και Διδακτορικές Διατριβές (Δ.Δ.), τις ανακηρύξεις κατόχων Μ.Δ.Ε. και Δ.Δ. καθώς και για κάθε άλλο θέμα που προβλέπεται από την ισχύουσα νομοθεσία.
Τη Σ.Τ. προεδρεύει ο Κοσμήτορας της Σχολής ΧΗΜΗΠΕΡ, Καθηγητής Πέτρος Γκίκας. Χρέη Αναπληρωτή Κοσμήτορα εκτελεί ο Καθηγητής Απόστολος Βουλγαράκης.
Ο Αναπληρωτής Καθηγητής Αριστείδης Κουτρούλης είναι Διευθυντής Μεταπτυχιακών Σπουδών και προεδρεύει της Συντονιστικής Επιτροπής του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών. Χρέη Αναπληρωτή Διευθυντή του Π.Μ.Σ., εκτελεί ο Καθηγητής Γεώργιος Καρατζάς.
Μέλη της Συντονιστικής Επιτροπής είναι οι :