Σημαντικός αριθμός ερευνητικών έργων της Σχολής έχουν χρηματοδοτηθεί με εθνικούς πόρους Τα πλέον πρόσφατα είναι τα ακόλουθα:

• Step–Ap - Βιώσιμη χωροθέτηση υπεράκτιων αιολικών πάρκων. Εφαρμογή στην Κρήτη, Επιστημονικά Υπεύθυνος:  Τσούτσος Θεοχάρης, Χρηματοδότηση: Πράσινο Ταμείο (Φυσικό περιβάλλον &Καινοτόμες Δράσεις 2023), (2023-2025)
• ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ: «Παραγωγή προπυλενίου (C3H6) μέσω οξειδωτικής αφυδρογόνωσης του προπανίου (C3H8) με διοξείδιο του άνθρακα (CO2)» (3367). Επιστημονικά Υπεύθυνη: Παρασκευή Παναγιωτοπούλου, Χρηματοδότηση: Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας & Καινοτομίας (ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ), (2022-2025)
• ΕΣΠΑ: «Νομικά ζητήματα από τη χρήση των τεχνολογιών παρακολούθησης και παρατήρησης γης για τη διασφάλιση της περιβαλλοντικής συμμόρφωσης στην ελληνική έννομη τάξη (HELLASNOMOSAT)», Επιστημονικά Υπεύθυνη: Ευπραξία-Αίθρα Μαριά, Χρηματοδότηση: Ευρωπαϊκή Ένωση και εθνικοί πόροι μέσω του ΕΣΠΑ (OPS MIS 5047355), (2020-2021)
• Έρευνα - μελέτη σκοπιμότητας για την εφαρμογή του μέτρου του ενεργειακού συμψηφισμού (ΝET-ΜETERING) και του εικονικού ενεργειακού συμψηφισμού (VIRTUAL NET-METERING) σε 20 τοπικούς οργανισμούς εγγείων βελτιώσεων (ΤΟΕΒ) της Κρήτης, Επιστημονικά Υπεύθυνος: Τσούτσος Θεοχάρης, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (2018-2022)
• ΕΡΕΥΝΩ – ΔΗΜΙΟΥΡΓΩ - ΚΑΙΝΟΤΟΜΩ: «Ανάπτυξη και επίδειξη ολοκληρωμένης διεργασίας για τη παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας από κυψέλες καυσίμου με ενδιάμεση παραγωγή Η2 μέσω αναμόρφωσης του LPG με ατμό» (Τ1ΕΔΚ-02442). Επιστημονικά Υπεύθυνη/Συντονίστρια: Παρασκευή Παναγιωτοπούλου. Χρηματοδότηση: Ευρωπαϊκή Ένωση και εθνικοί πόροι μέσω του Επιχειρησιακού Προγράμματος Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα & Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ), (2018-2021)
• Έρευνα- μελέτη σκοπιμότητας για την εφαρμογή του μέτρου του ενεργειακού συμψηφισμού (ΝET-ΜETERING) και του εικονικού ενεργειακού συμψηφισμού (VIRTUAL NET-METERING) σε 9 τοπικούς οργανισμούς εγγείων βελτιώσεων (ΤΟΕΒ) της Κρήτης, Επιστημονικά Υπεύθυνος: Τσούτσος Θεοχάρης, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (2018-2019)
• «Διερεύνηση χωροθέτησης νέου ΧΥΤΥ Π.Ε. Ρεθύμνου», Επιστημονικά Υπεύθυνος: Eυάγγελος Γιδαράκος, Χρηματοδότηση: Δήμος Αμαρίου, (2017-2020)
• «Αξιολόγηση υφιστάμενης κατάστασης ΧΥΤΑ Αμαρίου (βιοαέριο) και πρόταση αναγκαίων μέτρων», ΕπιστημονικάΥπεύθυνος: Eυάγγελος Γιδαράκος, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (2016-2020)
• Ερευνητικό έργο για την αξιοποίηση του βιοαερίου στον ΧΥΤΑ Πέρα Γαλήνων (Ηράκλειο, Κρήτη), Επιστημονικά Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Ενιαίος Σύνδεσμος Διαχείρισης Απορριμμάτων Κρήτης (ΕΣΔΑΚ), (2015-2017)
• Διερεύνηση καινοτόμου διεργασίας διήθησης στραγγιδίων ΧΥΤΑ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: ΠΕΡΤΕΧ Α.Ε., (2015-2017)
• «Έρευνα για πιθανή ρύπανση στην περιοχή ΧΥΤΑ Αμαρίου, εκτίμηση επικινδυνότητας και πρόταση για μέτρα αποκατάστασης», Επιστημονικά Υπεύθυνος : Eυάγγελος Γιδαράκος, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (2015-2016)
• «Άμεση Επέμβαση για τον Περιορισμό της Υφιστάμενης Ρύπανσης (Ελεύθερης Ελαιώδους Φάσης) Περιμετρικά της Περιοχής της ΠΥΡΚΑΛ», Επιστημονικά Υπεύθυνος: Eυάγγελος Γιδαράκος, Χρηματοδότηση: Ελληνικά Πετρέλαια Α.Ε., (2010-2023)
• «Παρακολούθηση Υδροφόρου Ορίζοντα / Υπεδάφους ΒΕΑ», ΕπιστημονικάΥπεύθυνος: Eυάγγελος Γιδαράκος, Χρηματοδότηση: Ελληνικά Πετρέλαια Α.Ε., (2007-2023)