Η Σχολή ΧΗΜΗΠΕΡ είναι οργανωμένη σε τέσσερεις Τομείς, που ο καθένας περιλαμβάνει Εργαστήρια με διάφορα Γνωστικά Αντικείμενα.
Αντικείμενο του Τομέα Ι είναι οι επιστήμες/τομείς εξειδίκευσης: Κλιματικής Αλλαγής Ανάσχεσης και Προσαρμογής, Βιώσιμης Ενέργειας, Εξοικονόμησης Ενέργειας και Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας, Γενικής, Οργανικής, Περιβαλλοντικής και Υδατικής Χημείας, Ενόργανης Χημικής Ανάλυσης, Ατμοσφαιρικής Χημείας, Γεωλογίας, Φυσικής, Αερίων Θερμοκηπίου και Κλιματικής Αλλαγής, Δασικών πυρκαγιών και Κλιματικής Αλλαγής, Αέριας ρύπανσης και Δημόσιας υγείας, Περιβαλλοντικής Νομοθεσίας, κ.λπ.
Αντικείμενο του Τομέα ΙΙ είναι οι επιστήμες/τομείς εξειδίκευσης: Σχεδιασμού και Ανάλυσης Χημικών και Βιοχημικών Διεργασιών, Περιβαλλοντικών Διεργασιών, Θερμοδυναμικής, Γενικών Μαθηματικών και Στατιστικής, Αριθμητικής Ανάλυσης και Προγραμματισμού, Μηχανικής Περιβάλλοντος, Φυσικών Διεργασιών, Ρύθμισης Διεργασιών, Τεχνοοικονομικής Μελέτης Διεργασιών, Φυσικοχημείας, Φαινομένων Μεταφοράς, Ρευστομηχανικής, Διεργασίες Παραγωγής Δευτερογενών Υλικών, Τεχνολογίας Φυσικού Αερίου, Βιοαερίου και Υδρογόνου, Τεχνολογίας Καυσίμων και Λιπαντικών, Μικροβιολογίας και Βιολογικών Διεργασιών, Τεχνολογίες Τροφίμων, Οικολογική Μηχανική και Τεχνολογία, κ.λπ.
Αντικείμενο του Τομέα ΙΙΙ είναι οι επιστήμες/τομείς εξειδίκευσης: Φυσικής Στερεάς Κατάστασης, Κρυσταλλογραφίας, Ενόργανης Χημικής Ανάλυσης & Χαρακτηρισμού Υλικών, Επιστήμης Επιφανειών, Ετερογενής Κατάλυση, Φωτοκατάλυση και Ηλεκτροκατάλυση, Διάβρωσης Υλικών, Τεχνολογίας Πολυμερών και Μακρομορίων, Μεταλλογνωσίας, Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών, Σύνθετων Υλικών, Νανοϋλικών και Νανοτεχνολογίας, Βιοϋλικών & Βιοπολυμερών, Κεραμικών & Πορωδών Υλικών, Καταλυτικών και Ενεργειακών Υλικών, Ηλεκτροκαταλυτικά Υλικά-Κυψελίδες Καυσίμου, Βιοϊατρικής Τεχνολογίας και Υλικών κ.λπ.
Αντικείμενο του Τομέα IV αποτελούν οι επιστήμες/τομείς εξειδίκευσης Υδρολογίας, Υδραυλικής, Υδραυλικών έργων, Διαχείρισης επιφανειακών και υπογείων υδάτων, Οικολογικής Μηχανικής και Τεχνολογίας, Αποκατάστασης Περιβάλλοντος (εδάφους, υπογείων και επιφανειακών υδάτων), τεχνολογιών και λύσεων με βάση τη Φύση, Γεωργικής Τεχνολογίας, Ρευστομηχανικής, Θαλάσσιας περιβαλλοντικής υδραυλικής, Παράκτιας μηχανικής, Λιμενικών έργων, Γεωδαισίας, Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών, Γεωτεχνικής και Γεωπεριβαλλοντικής Σεισμικής Μηχανικής, Υπολογιστικής Δυναμικής κ.λπ.